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養殖水環境持續惡化。隨著養殖規模的擴大和密度的增加，因養殖對水環境和土壤環境等的消耗越來越大，以及在養殖過程中各類藥物的使用，使得養殖水環境持續惡化。 1.養殖水環境持續惡化。隨著養殖規模的擴大和密度的增加，因養殖對水環境和土壤環境等的消耗越來越大，以及在養殖過程中各類藥物的使用，使得養殖水環境持續惡化。 2.主體生產方式落后，產業結構不合理，增長方式落后。
3.養殖模式趨同性，產品同質化，創新乏力，缺少具有強競爭力的養殖對象。
4.重產量、輕質量，品牌缺乏，不利于水產業的可持續發展。
5.智能化、自動化、機械化、信息化程度低。這是由水產行業的特點和對水產從業人員的文化程度要求較低決定的。
6.水產品質量安全形勢堪憂。雖然國家相關部門加大了管理及處罰力度，但在養殖過程中仍舊存在著用藥不規范、養殖密度超標、養殖水體和飼料不達標等諸多問題。
7.現代農業企業管理水平落后，技術創新能力較弱，人才嚴重缺乏。
8.病害問題突出。
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