pH值可以改變水的化學組成，導致水質發生質變。就魚類的生存條件而言，當pH值高時，水體化學成分穩定發展，當pH值稍低時，水體化學成分開始惡性循環。當pH值較低時，土壤中的有機質溶解緩慢且不充分，釋放出大量有害物質，其中以CH4、CO2和H2S為主。這些氣體會破壞水體，一些氣體如 H2S 會直接傷害魚類。隨著有機物酸化速度減慢，固氮菌生物活性降低，魚餌生物無法大量繁殖，水質越來越差。在酸性水中，某些化學物質的有機化學形態會發生變化，如對金屬離子的吸附能力減弱，甚至被吸附的物質解吸，使水中的懸浮物增加。分離出的重金屬離子毒性增加，可搶奪生物活性物質的生命力基因，破壞生物體的酸性系統，使生物體無法生存。生產經驗證明，如果將PH值提高到中性或微堿性，就有可能降低甚至消除這些毒性。例如，汞可以通過甲基汞有害物質的可塑性生成二甲基汞，自由蒸發和排放；鉛可以通過一些替代生物吸附來沉積；銅也可以成為堿式硫酸銅的有毒沉積物。這種累積的金屬材料毒性大大降低。還有一些有毒氣體也發生了變化，如H2S是有毒的，當PH值升高時，會變成HS-或S-無毒形式； NH3有毒，當pH值升高時可變成NH4。當形狀改變時，毒性就消失了； CO2雖然有毒，但當pH值升高時，其毒性明顯降低。特別是上述因素的變化，直接引起溶解氧的調整。一般來說，溶解氧與pH值呈正相關。
水中的營養物質也受 pH 值影響。例如，當磷在pH 6.5和8.5之間時，被化學沉淀或吸附固定破壞的聚磷酸鹽相對較少。小的.總之，要適當控制PH值，使水中的化學成分穩定發展。